如何使用肽分子计算器
肽分子计算器从氨基酸序列开始工作。可以输入连续单字母序列,例如 ACDEFGHIK;也可以输入用空格分隔的三字母代码,例如 Ala Cys Asp Glu。如果出现无法识别的残基,页面不会继续给出错误质量。
序列有效后,结果会显示分子量、残基数量、估算等电点和氨基酸组成。组成统计能帮助用户确认序列是否被正确解析,例如某个残基数量是否与原始序列一致。
该工具适合标准未修饰肽段。若序列包含酰胺化、磷酸化、荧光标记、同位素标记、特殊末端或其他修饰,需要使用能处理修饰质量的专用工具。
公式与原理 — 肽分子计算器
肽分子计算器采用的公式或评分规则如下:
分子量 = Σ 残基质量 + H2O
等电点 = 净电荷约等于 0 时的 pH
肽分子计算器使用平均残基质量,而不是游离氨基酸质量。肽键形成会脱水,因此把残基质量相加后再加上一个末端水分子,可得到近似中性肽分子量。
等电点估算使用 N 端、C 端以及可电离侧链的常见 pKa 值。工具在 pH 0 到 14 之间迭代,寻找净电荷接近 0 的位置。
氨基酸组成是标准化序列后的残基计数。亮氨酸和异亮氨酸虽然平均残基质量相同,但在组成统计中仍按 L 和 I 分开显示。
肽分子计算器的使用场景
肽分子计算器适用于以下具体场景:
- 提交合成肽订单前快速核对序列和理论分子量
- 为 LC-MS 或 MALDI 检测准备粗略目标质量
- 教学中说明残基组成如何影响等电点
- 统计短肽序列中各氨基酸残基数量